Osmanlı İmparatorluğunda 19. yüzyılda başlayan yenileşme hareketleri çerçevesinde mali istikrarın sağlanması, gelirlerin ve giderlerin kontrol altına alınarak güçlü bir kamu maliyesinin tesisi ve sürdürülmesi yönünde önemli adımlar atılmaya başlanmış ve bu çabaların bir sonucu olarak Sayıştay, 29 Mayıs 1862 tarihinde Sultan Abdülaziz’in İrade-i Seniyyesi ile Divan-ı Ali-i Muhasebat adıyla kurulmuştur.
1876 Anayasası’nda yer alarak anayasal bir kuruluş haline gelen Sayıştay, Hazineye tabi kurumların gelir ve giderleri ile muhasebe kayıtlarının ve diğer işlemlerinin yıllık olarak denetlenmesi ve giderlerin harcamadan önce vize edilmesi işlerini yerine getirmeye başlamıştır.
Ankara’da Türkiye Büyük Millet Meclisinin kurulmasıyla, 1920-1923 döneminde Sayıştayca yürütülen bazı görevler TBMM üyeleri arasından seçilen bütçe denetimi ile görevli geçici bir komisyon eliyle yürütülmüştür. Cumhuriyetin ilânının hemen ertesinde 24 Kasım 1923 tarih ve 374 sayılı “Divan-ı Muhasebatın Sureti İntihabına Dair Kanun” ile Kıta Avrupası Fransa modeli esas alınarak yeniden kurulan Sayıştay, 1924 Anayasası ile de anayasal kimliğini korumuştur. 1924 Anayasası‘nın 100 üncü maddesinde Sayıştayın Türkiye Büyük Millet Meclisine bağlı olduğu ve devletin bütün gelir ve giderlerini denetlemekle görevlendirildiği açıkça belirtilmiştir.
Cumhuriyetin ilk yıllarında, yasama ve yürütmenin TBMM bünyesinde toplanmış olmasının da etkisiyle, TBMM-Sayıştay ilişkileri karşılıklı ve yakın seyretmiş, bu dönemde Sayıştay tarafından hazırlanan raporlar TBMM’de kurulan bir komisyon tarafından incelenmiştir. Ancak zamanla TBMM ile ilişkiler zayıflamış ve Sayıştay, faaliyetlerinin tümünü yargılama sürecine yönlendirmiştir.
01.06.1934 tarihinde yürürlüğe giren 2514 sayılı “Divan-ı Muhasebat Kanunu” Sayıştayın kuruluş ve işleyişini yeniden düzenleyerek, bu tarihe kadar uygulanan dağınık Sayıştay mevzuatını yürürlükten kaldırmıştır.
1929 yılında bütün dünyada yaşanan ekonomik kriz sonucunda serbest piyasa ekonomisinin hiçbir müdahale olmaksızın kusursuz bir şekilde işlemediği anlaşılmış, devletin ekonomik ve sosyal yaşama daha fazla müdahalesini öngören Keynesyen politikalar ön plana çıkmıştır. Ülkemizde bu dönemde kurulmaya başlanan kamu iktisadi teşebbüsleri devletin ticari ve sınaî alanda faaliyetlere girişmesini sağlamış ve bu kurumları denetlemek üzere 1938 yılında Başbakanlık Yüksek Denetleme Kurulu kurulmuştur. Kamu iktisadi teşebbüslerinin denetimi dünyada yaygın olarak, Sayıştaylar tarafından gerçekleştirilmesine rağmen, Başbakanlığa bağlı ayrı bir denetim kurumu oluşturulmuştur.
Devlet bütçesinin nitelik ve yapısal yönden gelişmeler göstermesi ve 2514 sayılı Kanun’un gereksinmeleri karşılayamaz olması nedeniyle Sayıştay, 1961 Anayasası’nın 127’nci maddesi ile yeni bir kuruluşa ve işleyişe kavuşturulmuştur. Sayıştayın sözü edilen gelişmelere ve 1961 Anayasa hükmüne uyumunu sağlamak üzere de 21.02.1967 tarihinde 832 sayılı Sayıştay Kanunu çıkarılmıştır.
II. Dünya Savaşı sonrası dönemde kamu harcamalarının giderek artması, Sayıştayların denetim kapsamı ve niteliğinde hızlı ve temel değişimlere gitmesi zorunluluğunu doğurmuştur. Hesap ve işlemlerin tek tek incelenmesi yerine kurumların mali sistemlerine güvence veren denetimlere ağırlık verilmiştir. Bu bağlamda, Sayıştayların kuruluşlarından itibaren yaptıkları kamu gelir, gider ve mallarının mevzuata uygun olarak elde edilmesi, harcanması ve saklanmasına ilişkin denetimlerin yanı sıra, yeni bir denetim türü olarak performans denetimleri ortaya çıkmıştır.
1950’lerde herhangi bir metodoloji geliştirilmeksizin geleneksel denetimin yan ürünü olarak yapılan performans denetimi 1970’lerin ikinci yarısından itibaren ülkelerin mevzuatında yer almaya başlamıştır. Dünyadaki gelişmelere paralel olarak ülkemizde de kamu yönetimi reformları gündeme gelmeye başlamış, 90’lı yıllarda buna yönelik çalışmalar yoğunlaşmıştır. 1996 yılında, 832 sayılı Sayıştay Kanunu’nda yapılan değişiklik ile Sayıştaya performans denetimi yetkisi verilmiştir.
Avrupa Birliği adaylık sürecinin de etkisiyle 2000’li yıllarda kamu yönetimi reformları ivme kazanmış, dünyadaki yeni kamu yönetimi anlayışı ilk kez VIII. Beş Yıllık Kalkınma Planında (2001–2005), kamu hizmetlerinin sunumunda vatandaş tatmininin esas alınması olarak ifadesini bulmuştur. Başlatılan reform çalışmaları kapsamında kamu mali yönetimi yeniden ele alınmış, 2003 yılında yürürlüğe giren 5018 sayılı Kamu Mali Yönetimi ve Kontrol Kanunu ile fon uygulamasına son verilmiş, devletin tüm gelir ve giderleri ile borçları tamamen bütçe kapsamına alınarak yasama denetiminden geçmesi sağlanmıştır. Bu sayede, Sayıştayın tekil işlemlere odaklanan bir anlayıştan kurumun tüm mali yapısına odaklanan bir denetim anlayışına geçmesi ve daha kapsamlı rapor üreten bir yapıya dönüşmesi yolunda önemli bir adım atılmıştır.
19.12.2010 tarihinde yürürlüğe giren 6085 sayılı Sayıştay Kanunu ile kamu kaynağı kullanılan tüm faaliyetler Sayıştayın denetim kapsamına alınmış ve kamu iktisadi teşebbüslerini denetleyen Başbakanlık Yüksek Denetleme Kurulu Sayıştay bünyesine dâhil edilerek, dış denetimde ikili yapıya son verilmiştir. Bu Kanun’la Sayıştay, günümüzün koşullarına, uluslararası standartlara ve yönetim ve denetim alanındaki çağdaş gelişmelere uygun olarak yeniden konumlandırılmıştır.